Per prima cosa tagliate a pezzetti la zucca e la cipolla, disponetele in una teglia antiaderente e cuocetele in padella con un filo di olio, un pizzico di sale e la noce moscata.
Quando la zucca sarà quasi del tutto cotta, passatela nel trita tutto o frullatela con un frullatore ad immersione.
Aggiungete pan grattato, formaggio grattugiato, uova e mescolate per bene. L'impasto deve risultare cremoso ma consistente, non liquido nè troppo secco. 
Imburrate per bene 12 stampini da muffin o utilizzate una teglia da muffin e dispontete l'impasto, aggiungendo alla fine un pizzico di pan grattato sopra ogni porzione.
Infornate a 200 gradi per circa 25 minuti.
Utilizzate la teglia dove avete cotto la zucca per sciogliere lo stracchino. Servite i flan di zucca con la crema calda di stracchino e, a piacere, potete decorare con erba cipollina.